投稿者: phazor

v1.0.3 からちょっと飛んで v1.0.7 のご案内。

図からわかるように主な変更点は

・2D Viewer 3 枚表示

・auto segmentation 機能

の二つ。

2DViewer x3 表示

3 方向での表示がしたかったから、追加。
他のビューアでもあるのでどんなものかはわかるかと。

auto segment

auto segmentation 機能は v1.0.5 から入っているのだが、あの時点では古典的画像操作によるものだった。v1.0.7 からは、AI を使ったものも追加した。
ただし、現時点では AI の結果を古典的セグメントに反映はできない。両者はパラレル。

使い方は、まず、通常通り DB からノーマルシリーズを選択。

2D Viewer を立ち上げる。

ここでは Auto Segment から CT Bone を選ぶ。
すると計算が始まる。

終了するとパネルが出現。

推定はするが、信頼度はそれほど高くないのでセグメントした領域の手動分類を行うことを勧める。終了したら Save 押下。これで確定する（DICOM SEG 形式のファイルも生成される。これはスタディから見るとモダリティが SEG であるシリーズの一つになります）。

この状態で 3D Viewer を立ち上げると、結果をサーフェスレンダリングで 3 次元表示してくれる。

この時点で PHORLIX は色分けされた個々の臓器を一つのオブジェクトをみなしている。Bone のチェックを外すと下図のようにマゼンダのオブジェクトの表示が消える。

CT Heart なども同様。

二つ以上 DICOM SEG ファイルができると Segmentation with SEGs というメニューが選べるようになる。実行すると個々の臓器のセグメントを統合してくれる。

古典的操作というのは、二値化などのことだ。今は AI 全盛の時代だが、ボクセル自体を操作しているので、結果の精度は元の画像と変わらず、まだ使い道があるのではないかと思う。だから実装したわけだが。

AI によるセグメントは MONAI whole segment の方を選んでください。
TotalSegmentator に搭載されているモデルをほぼそのままの形で使ってます。

処理時間はかかりますが、いろんな臓器をいっぺんに抜いてくれます。
ただしモデルの関係上、解像度は低くなります。

結果を見ると

・古典的方式は、処理が早く解像度も高いが、誤判定するときがある。

・AI は、処理に時間がかかり解像度も低いが、大きな間違いをしない。

のがわかるかと思います。

では、両者のいいとこ取りはできないのか？という話になりますが、これが難しい。ぜひ考えてみてください。
なお、PHORLIX でも古典的セグメントと AI セグメントの結果を統合する機能は現時点では実装されていません。