ORCA のメーリス

そういえば、昔、ORCAのML(メーリングリスト)にいくつか投稿したことがあったわ。

Re: ORCA と OsiriX の接続について

Re: ORCA と OsiriX の接続について その2

Re: ORCA と OsiriX の接続について その3

Re: ORCA と OsiriX の接続について その4

この時点では、その後、DICOM を本格的に触るようになるとは思ってもいなかった。

内容的に情報が古くなっている点もあるが、


一般のDICOMファイルの情報をすべて読み出し・管理するのは難しいが、特定のDICOMだけを操作するのは、それほど面倒ではないはずだ

というのは、今読み返しても「なるほどな」とは思う。

 

 

猪股弘明(精神科, HorliX 開発者)

 

HorliX のリアルな使われ方ってこんな感じでしょう

「知り合いの知り合い」みたいな先生なのですが、現役精神科医の高木希奈先生にブログで画像ビューア HorliX を取り上げてもらいました。

COVID-19 による肺炎CT画像!<HorliX にて表示>
(高木希奈オフィシャルブログ)

精神科的には

「精神科って、画像検査必要なの??」

という疑問を抱かれる方も多いかもしれません。

精神科と言えども、もちろん画像は取り扱います。

まず、精神疾患の診断をつけるためには、器質性疾患(身体的な疾患)の除外が必要なので、受診されたらまずは、血液検査、心電図、頭部CTやMRI,心電図、脳波などの身体的な検査を行います。

さらに

認知症疑いの患者さんの脳CTやMRI画像のチェックは必須ですし、大学では 統合失調症の患者さんの画像解析などは、一つの研究テーマにもなっています。

というのは常識なんですが、世間一般にはあまり伝わってないかなと思います。

それはともかくご紹介ありがとうございまーす。

 

猪股弘明(精神科医:精神保健指定医)

 

医療画像の fusion とは?

今回は医療画像の fusion (一種の画像合成)のお話。
諸々の事情で MR(Magnetic Resonance 磁気共鳴)系の fusion を取り扱っていた。

なお、MRI って何?って方は、『MRI とは? -その1-』・『MRI とは? -その2-』・『MRI とは? -その3-』あたりをご覧ください。特に『その2』のスピンの説明はけっこう好評のようです。

 

しかし、MRI のプロトン密度強調画像程度でことが済んでいればいいんですが、この分野の技術進歩は速い。「拡散」強調(という撮像法。水分子の「拡散」というより「移動」といった方が正確なような気もしますが、ここでは慣例に従います)などは、以前より脳梗塞急性期の診断などに使われている。

大脳右半球に広範な梗塞像(白いところ)が見られる

上の画像は、脳梗塞の拡散強調像(DWI… Diffusion Weighted Image)です。拡散「強調」とは言うものの、実際に撮像するときは、移動しているプロトンからの信号を抑えるような工夫をするので、水分子が動きにくくなっている部位は、高信号になります。梗塞部位に含まれる水分子は、正常組織に比べ「動きにくく」なっているため、結果として梗塞部位は高輝度(白い)領域となって描出されます。

拡散強調画像は、基本 T2 強調画像をベースにしているので、本当に知りたい水分子の挙動(大抵の病変部で水分子は「見かけ」上、拡散しにくくなる。梗塞しかり、癌しかり)を取り出したい。このとき元の拡散強調画像より T2 などの影響を排除するため ADC(Appearant Diffusion Coefficient 「見かけ」の拡散定数) Map というのをつくる。
症例によっては DWI では異常を認めず、ADC Map で低信号(ときには高信号)となって描出されることがあるからだ。
水分子の拡散の度合いを知る上ではこの ADC Map は大変便利なのだが、その反面、組織のコントラストが普段見慣れているそれと違って形態などが読み取りにくい。ストレートに言えば「どこを見ているかわかりにくい」のだ。

この欠点を補うため、解剖学的な形態が読み取りやすい T1 強調画像に ADC Map を適宜「着色」した画像を重ね合わせると、医療者にとって「どこで何がおこっているか」直感的に理解しやすい画像が得られる。

一般に特定の情報を持った画像とそれとは別の情報を反映した画像を「位置を合わせて」合成して表示させることを fusion と言います。PET と CT の fusion はよく知られた例です。(参考:『PET/CT フージョン画像』)

右側頭葉(画像では左)に何かありますね

今回は、T1 強調に ADC Color Map ともいうべき画像を fusion させたわけです。もちろん、HorliX 使いまくり。規格(DICOM)があることゆえ私一人では決められない問題もあったりするのですが、目処がたったらプラグインの形でまとめたいと思っています。

 

猪股弘明(精神科医、理学士)

 

STAY HUNGRY, STAY FOOLISH

私は横浜に住んでいるが、東京近郊の中では横浜は個性的な会社・ショップ・飲食店が多いように思う。

本日、冬に備え、

下 に 何 を 着 て い て も コ ン ビ ニ に い け る

ようにパーカーを購入した。

 

エジプト神話のセト神の下に Jobs のスピーチで一躍有名になった

STAY HUNGRY, STAY FOOLISH

の言葉が。

この意味がわかる人だけ買ってくれればいいという凄まじく割り切りのいいデザインだ。

なお、セト神は兄オシリスを殺害したため、『兄殺し』と呼ばれ、オシリスの子ホルスとはライバルの関係にある。

Osiris を殺害し、Horus のライバル…

本当に私にぴったりなのかもしれない(謎)。

よくわからない人はここここへ。

 

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OsiriX をソースコードからコンパイル・ビルドする方法

医療と理工系分野の接点ということで前々から医療画像の分野には興味があった。

Windows では、K-Pacs などフリーの DICOM ビューアーがけっこうあるが(K-Pacs はその後、開発はストップしている。Horos開発ストップしそう)、このたび Mac を購入したので色々できそうなOsiriX を導入してみることにした。
32ビット版を使ってみてけっこう使えることが判明したので、今後の勉強のため?にソースコードからコンパイルことを試してみた。まず、開発者ページに飛ぶ。

HowToInstall

えーと、たぶん現時点での最新版である Xcode 4.3 では上のようにやってもうまくいきません。
なんですが、Mac は操作も慣れていないのになぁ~とぶつくさいいながらも、試行錯誤してなんとかコンパイル→ランまでできました。

RunOnXcode4-3

ポイントは、

(1) Xcode4.3 では、直接 SVN(SubVersioN) が使えるのでそこからソースファイル群を読み込んだ方が初心者には楽。

(2) Xcode4.3 では、スキームをセットしてターゲットを決めるので select & run という操作の表現自体が不適切。

(3) ‘Development’ target なんてできないので、ここで発想を変えて product をビルドできるような自然な手順を考える。

といったところでしょうか。

あと、なんでインストールするのに一見わかりにくい2段階の方法を取るのか考えてみるといろいろ勉強になるかと思います。

【追記】OsiriX オープンソース版のビルドに関しては、新しい記事があります(HorliX 開発ブログ『OsiriX Lite の現在』)。ビルドしても使えるかというと微妙なんですが。

【追記2】その後、HorliX というプロジェクトを始めました。
Horos に contribution
→ 分岐・独立(64bit 化して Mac AppStore で公開・配布)
→ 世界的にもそこそこ売れる
→ が、どこぞからか反感かったかアップルサイドの判断で公開中止
→ でも引き合いはあって直接配布に切り替える
→ マイナーアップデートを繰り返し、なんとか Catalina・BigSur でも動いている
というような流れできています。

 

猪股弘明(医師ですが、前職エンジニア