OsiriX をソースコードからコンパイル・ビルドする方法

医療と理工系分野の接点ということで前々から医療画像の分野には興味があった。

Windows では、K-Pacs などフリーの DICOM ビューアーがけっこうあるが(K-Pacs はその後、開発はストップしている。Horos開発ストップしそう)、このたび Mac を購入したので色々できそうなOsiriX を導入してみることにした。
32ビット版を使ってみてけっこう使えることが判明したので、今後の勉強のため?にソースコードからコンパイルことを試してみた。まず、開発者ページに飛ぶ。

HowToInstall

えーと、たぶん現時点での最新版である Xcode 4.3 では上のようにやってもうまくいきません。
なんですが、Mac は操作も慣れていないのになぁ~とぶつくさいいながらも、試行錯誤してなんとかコンパイル→ランまでできました。

RunOnXcode4-3

ポイントは、

(1) Xcode4.3 では、直接 SVN(SubVersioN) が使えるのでそこからソースファイル群を読み込んだ方が初心者には楽。

(2) Xcode4.3 では、スキームをセットしてターゲットを決めるので select & run という操作の表現自体が不適切。

(3) ‘Development’ target なんてできないので、ここで発想を変えて product をビルドできるような自然な手順を考える。

といったところでしょうか。

あと、なんでインストールするのに一見わかりにくい2段階の方法を取るのか考えてみるといろいろ勉強になるかと思います。

【追記】OsiriX オープンソース版のビルドに関しては、新しい記事があります(HorliX 開発ブログ『OsiriX Lite の現在』)。ビルドしても使えるかというと微妙なんですが。

【追記2】その後、HorliX というプロジェクトを始めました。
Horos に contribution
→ 分岐・独立(64bit 化して Mac AppStore で公開・配布)
→ 世界的にもそこそこ売れる
→ が、どこぞからか反感かったかアップルサイドの判断で公開中止
→ でも引き合いはあって直接配布に切り替える
→ マイナーアップデートを繰り返し、なんとか Catalina・BigSur でも動いている
というような流れできています。

 

猪股弘明(医師ですが、前職エンジニア

 

 

医療画像処理

某企業より依頼があったので、CTやMRIなどの医療画像から特定の臓器だけ抽出するソフトを試しにつくってみた。

ささっとつくったにしてはなかなか。
ポイントは「閾値処理だけでは狙った臓器だけを絶対に抜けない」ということに気がつくかどうか。

ただ、任意の臓器で精度よく抜いていくのはかなり面倒だと思う。

(追記)この手の技術は CAD (Computer-Aided Diagnosis) というらしい。日本医用画像工学会の CAD コンテストというのがこれに近いことをやっていた。良くも悪くもこの分野の現状がわかる。

(追記)この機能、 HorliX や Horos や OsiriX のプラグインを使って実現できないだろうか?

猪股弘明
HorliX: developer
Horos: contributor
OsiriX(OpenSource Ver): contributor

 

世界一は立派だと思うが、速さよりアルゴリズムの方が重要な時代なのでは?

日本製スパコンの計算速度が世界一になったとか。
(→その後、転落。「2位じゃダメなんですか」発言があったり、その反動として「世界トップを目指す基礎研究の意義」みたいなことが議論されたが、ここでは実際に計算機を使って何かをしている人の個人的な感想みたいなものを述べてみたい)
私は、たまに計算機を用いた物理学的なシミュレーション(数値解析)をやることがあるのだが、その目処をつける段階では正直「計算機の多少の速度差は、ほとんど意味を持たない」という実感を持っている。
アイキャッチのフィギュアは、ECT 施行時の脳内での電流密度を描画させたものだが、この場合、そもそも計算機に与える信頼すべき基礎方程式自体がなかったし、だから、そのための理論とアルゴリズム一式を考案しなければならなかった。時間も集中力も消費したのは、正直そこだ。
スパコンの主要な応用分野の一つとしてシミュレーションがあると思うが、一般的に言って、この分野で苦労するのはモデル化であったり、モデルから実際の計算に落とし込むアルゴリズムであったりする。

速度や生産量というのは、一般の人にも理解が得られやすい指標なので、この点を中心に評価・議論されやすいが、だが、待ってほしい。
一昔前、日本は「半導体生産量世界一位」というプロバガンダを散々うったし、国民もそれに発揚されていたと思う。われわれはまだまだ naive だったのだ。このときの「半導体」は、CPU も RAM もひっくるめての生産量だ。もちろん、世界のトップ層は CPU (後には GPU も)や OS が次世代の計算機の要だ、という認識があり、裏では着々と研究リソースの再整備が行われていたと推測する。その後の計算機・ソフトウェア業界の覇権がどうなったかは、ここで言うまでもないだろう。一般国民は、騙されていたとも言えるし、間違っていたとも言えるかもしれない。ともかく、世界で戦うには、まだまだ未熟だったということだろう。

ここらへんの予算配分の問題は、もう一歩踏み込んで再考して欲しいなあと思う。

 

猪股弘明(都立松沢病院精神科)