下から見た ERATO

うちの air 氏(笑)、湘南鎌倉の斎藤先生を表敬訪問。

「この才能豊かな天才的 Software (+ Hardware) Engineer」(『いるかの棲む闇』より)ってベタ褒めじゃん。いーなー。

色々不都合ある内容なので先生消されたかな? こんな感じの記事でした。興味ある方は覗いてみてください。

いーなー、air さん(棒読み)。


ただ、齋藤先生のこの記事、私系列と air 系列の混交が見られる(わざとやってそうだがw)。

ネット上などでは、基本、

医師 = H. Inomata (猪股弘明)

エンジニア = air-h-128k-il

設定で通している。私は、医学生・医師になってからもエンジニア仕事はたびたび引き受けており、ちょっとした案件で「あ、お医者さんなんですかー、なんでまた?」みたいな面倒臭い展開を避けるためにそうしている。最初に「エンジニアです」と言い切っておけば、まず疑われることはない。

あと、時系列が若干おかしく、私が「開いたイルカ」プロジェクトの一部から迫害をうけていたのは、クリニックを閉じる直前(2015年末)~今年の 7 月くらいまでだ。

また、死亡説を流したのも、イルカ絡みも確かにあるが、一部東京医大関係者からの追手をまくため。

有難いことに両者ともほぼ自爆してくれたので、私はようやく大手を振って表通りを歩けるようになったのだ。悪いことって長く続かないものだね。HorliX の問答無用の強さもあるが。

イルカはよく指摘されているようにコメント周りのバグがある。例えば、通院精神療法絡みのコメントをスタンプに移動させることができない。私のできる。開業時に精神科を標榜する場合、通院精神療法を取らなければいけないので当然だ。

ところが、イルカ開発元の方針でイルカは「純正品」を限定して他のプロダクツを「類似商品」としているため、私のリポジトリからバックポートを受けられない。その結果、現在(2018年10月)でもバグが残ったままになっている。(→これは、その後の状況の変化でかなり変わってきている。本家 LSC さんも「商用版とオープンソース版は別物とお考えください。商用版はフォークして独自機能を追加していただいてけっこうです。プルリクエストも考慮します」と方針を変えてきている。悪い膿が出て、膠着状態を脱してきた感じだ)

向うも困っているのか人を介して元プロダクトマネージャーの方から、オープンソース版のとりまとめ役になってくれないかという依頼もあったが、それまでにかなり不愉快な思いをさせられたことと HorliX の開発が待っていたため、流石にこれはお断りさせてもらった。(その後もお世辞だとは思いますが LSC さんの方から「中心になってもらって・・・」という感じで直接何回かお声をかけてもらったこともあります。有り難い限り。さらに、その後、メドレーさんに運営権がうつりましたが、こちらからもたまにですが連絡などもらってます。なお、担当者はかなりユニークな方です)

プライドかなぐり捨てて私に頼むくらいだから、本家の開発能力はかなり落ちているのではないかと思う。→結局、メドレーに事業譲渡。今後は、既存ユーザーに対するメンテのみおこなうようです。
ただ、私のバージョンは、商用版とは独立して自力で導入している施設などからたまに技術内容に関して相談を受けるので、細々とながらメンテを続けています。
現在でも動くことは動きますし。

また、東京医大の自爆っぷりは、ニュースなどでさんざん報じられたと思うのでここで繰り返すまでもないでしょう。

 

なんでエンジニア資質がここまで残っているのかリアルでも驚かれることがあるが、それはたぶん、学部の時から ERATO という研究プロジェクトで働いていたため(と医学生時代のプログラマ業務。が、これは別で書いてます)。

私は、学部 4 年次にも大学研究室とは別にさる ERATO のプロジェクトでれっきとした「技術員」として働いていた。当時の ERATO は管理が緩かったのだ。このプロジェクトでやっていたのは、STM (Scanning Tunneling Microscopy: 走査型トンネル顕微鏡)の製作。STM の探針を使ってナノメーターレベルでの原子操作を狙っていたため、市販の装置では役不足で、自力で STM を作る必要があったのだ。

その当時の写真を一枚。

白髪の体格の良い外人さんが 1986 年、STM の開発でノーベル物理学賞を受賞した H. Rohrer 博士。日本に常駐してわれわれを直接指導…ということはなくて、確か顧問だったか何かで、まあ、これはほぼ接待といっていい歓迎会の一コマ。ノーベル賞受賞者を呼べるくらいの組織ではあったというアピールです、はい。

肖像権の問題にも配慮して、顔写真などを公開している方をのぞきモザイクはかけたが、みなさんこの後、いわゆるナノテクノロジーという領域でそれなりのポジションを得ている方々ばかり。

学部4年の段階でこの中に放り込まれれば、そらさすがに技術力つくでしょという環境でした。何度も溺れかけたが、最後は対岸に泳ぎついたと思う。エンジニアには飛躍的にその能力を伸ばす時期があると思うが、私の場合は、間違いなくこの時期。ここで2年ほどみっちり鍛えられた後は、どこいっても通用した。

大学の研究室にも所属はしていたが、こちらでの仕事の方が面白くなり、結局、ERATO での成果で卒論を書いて大学を卒業することになったのだった。

 


ERATO の件は、話がこれで終わっていれば、めでたしめでたし、というか美談の部類に入ると思うのだが、時代背景もあって残念ながらそうはなっていない。

プロジェクト内で評価されていなかったわけではない。例えば、J-GLOBAL で「STM 猪股弘明」あたりで検索をかけると、こんな検索結果が得られる。

口頭発表とはいえ、学会要旨4本に名前を載せているのは身分(学部4年)を考えるとできすぎともいえる。

『STM による超高真空中表面加工における探針形状の変化』は、その後、学会英文誌にも発表され( Fabrication of Atomic-Scale Structure on Si(111)-7×7 Using a Sccanning Tunneling Microscope(STM), JJAP(1992) pp4501-4503 )、その謝辞に私の名前も

 

としっかりとクレジットされている。実験の意味を把握した上でひたすら SEM の写真を撮り続けたのだから今の基準で行けば Data Acquisition ということで正規クレジットされてもいいくらいだと思うが、まあ、あの業界の当時の雰囲気を考えると致し方ない面もある。

なんだけど問題は

“Detection of Single Atom Extraction and Deposition Events during Nanolithographic Processing of Silicon with a Scanning Tunneling Microscope.” Proc. Jpn. Acad. Ser. B, Vol.69, No.5, p.101-106 (1993.05)
F. Grey, D. H. Huang, A. Kobayashi, E. J. Snyder, H. Uchida and M. Aono

あたりなんだな。
これは不審な点があって、まじで調査中。

しかし、なんでこんなことしたかなあ。

私なんぞ、ECT で口頭発表したときは(「猪股弘明 ECT」あたりで検索かけるとぱらぱらとでてきます)

という具合にそのときの病棟在籍医師(都立松沢病院のD40棟)すべてクレジットしたけどね。

 


あ、あと、データベースによっては私は別人登録されているみたいですが、上記の STM 関係の著者と ECT 関係の著者HorliX の開発者は同一人物ですので、そこらへんよろしくお願いします。

物理学と精神医学と医療情報と分野が飛びまくってるので、なかなか同一人物の著作・作品と認識されずたまに困るときがあります。別人扱いで都合良いときもあるんですが。

 

猪股弘明(精神科医)

 

電子カルテ記載内容をテキスト処理したい

電子カルテのテキストマイニングに関連して。

MENTAT というのがあるらしい。
https://www.mentat.jp/jp/service/

精神科カルテからテキストデータ抜いてきて IBM ワトソンで解析、治療の難しさなどを評価・予測しカンファレンスなどで使われるらしい。

だからどうしたと言われそうだが、未来感みたいなのはある。

問題は予測精度だと思うので、関係者に問合せ中。

 

なお、私自身も OpenDolphin-2.7m というオープンソースの電子カルテの開発者なのだが(経緯は『OpenDolphin について』で)、医療関係者からそこそこ評価されているのはカルテ記載内容をプレーンテキスト(UTF-8)に書き出すファイルバックアップシステムを実装した点だ。
もともとはクライアント-サーバ間で通信障害が発生したときの臨時記録手段としてこの機能を付け加えたのだが、カルテ記載データの2次利用にも使えるのでは?という声も上がっている。
これに関しては検討中。

 

猪股弘明(精神科医)

 

その後、自然言語処理などにも実際に手を出す。
→『OpenOcean』や『 juman++ で分かち書き』など。

雰囲気つかめますかね?

 

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VMware で ORCA

ノートPC (Win8) に VMware Player をインストール。ゲストOS に Ubuntu 12.04 を入れ、ORCA 4.7 を導入してみた。(なお、ORCA というのは日本医師会が開発しているレセコンソフトで、OpenDolphin は ORCA と連動して動作する)

vm_orca_ultrabook.jpg

これなら、出先でも ORCA をちょっと触わることぐらいはできる。

本当は、Open Dolphin とも通信させて開発環境も構築したかったのだが、これは上手くいかず。(VMnet1 や VMnet8 などいじったんだが、駄目でした・・・)

以前に造った自作電子カルテもどきで通信させたところ、あっさり成功。

vm_orca_openocean.JPG

受付情報など取得できました。

単純な http プロトコルだと上手くいく?

(追加)ブリッジ接続は問題なく接続。

vm_orca_od.JPG

OpenDolphin について

OpenDolphin を Window 7 上にインストールしてみた。

dolphin_win7.JPG

まだ設定など検討の余地はありますが、なんとか ORCA との通信はできているようです。

ちなみに ORCA は Ubuntu 上の 4.7 です。ちょっと Dolphin 側のコードに手を入れてます。

(追記)この記事書いた当時(2013 年頃ですか、けっこう昔ですね)と OpenDolphin を取り巻く状況が変わってきたため、修正。

「上記スクリーンショットは、増田内科 増田茂氏の OpenDolphin-2.3.8m を手順書に従ってインストールしたものです。」

と以前に書いてました。
これは事実なんですが(ただし、和歌山の増田内科は既に閉院しているようです。今は高槻病院所属?でしょうか)、同氏(確か循環器内科の医師)から”私の著作物をあたかも自分で作り上げたかのように振る舞う不届き者”という(今から思うと)意味不明なクレームをつけられて、そうしただけです。一応、相談にのっていただいた某組織からも「先生、よく我慢して大人の対応しましたね」と変な褒め方されました。
ただし、この件に関してはさすがに厚労省・保健所ともに許さなかったようで、当局主体で迅速に処理していただきました。

もちろん、独自カスタマイズしているわけだから、「私の著作物」という言い方は完全には間違いではないんでしょうが、細かいことをいうと、私もさらにカスタマイズ入れ始めた頃であり、上記スクリーンショットが完全に OpenDolphin-2.3.8m と同一かというと違います。いわゆる増田ファクトは、電子カルテの要件である『保存性』を担保する機能や『真正性』を担保するカルテ記載内容の抽出ツールが提供されておらず、これは危ないと思い、独自にファイルバックアップシステムの実装・データ移行ツールの作成をしていたところでした。

データ移行ツール

「手を入れて」とあるのは、このことを指しています。

その後、データ移行がうまくいき始めたため、ソフトのベースもいわゆる本家に戻してます。「カスタマイズのカスタマイズ」より「オリジナルのカスタマイズ」の方がなにかと安心ですから。

おそらくこういった「導入は増田ファクトで(当時としては、確かによくできた導入環境でした。ただし、導入手順書にしてももっぱら windows 前提で、Mac OSX へのインストールなどはまったく触れられていませんでした)。ある程度、様子がわかってきたら、さらにカスタマイズ。その後は、独自路線を突き進むなり本家に戻るなりして開発を継続」といったパターンは多かったと思います。オープンソースの本来の意義からすれば、割合、自然なことだと思うのですが。

それはともかく opendolphin 自体を「私の著作物」といってしまったり、本来、商標に成りえない「m」という表記に対して排他的独占権を主張したり、誰が書いても同じような言い回しになる定型文に著作権を主張したりするのは、ちょっとどうかと思います。


最近になると、かなり高名な先生もドルフィンプロジェクトの運営自体に関して疑念を表明しており、彼らの主張を額面通り受け取れない状況になってきている。

(参考)『いるかの住む闇』や『「いるか」の都市伝説は本当だったか?』『開いたイルカ再び』などをご参照ください。

特に後者の「そもそも GPL を適用すること自体が、けっこう無理筋なプロジェクト」だったのではないかという指摘は、日を追うごとに説得力が増していっているように思える。
GitHub リポジトリでのプルリク・コードレビューがほぼない、なんて話を聞くとこれは一体なんだったんだろうという気持ちになる。

例えば、公的な立場でドルフィンプロジェクトを支援した当局もこの観点からプロジェクト自体の検証を開始している(ただし、かなり前のプロジェクトであるから、いわゆる不正告発制度の本調査に入るかどうかは微妙。だが、まったく放置しておくにはいかないという状況になってしまったということだと思う)。

また FSF(Free Software Foundatioon)も下記の事情があることから、「判断が難しい」としながらも「純然たるGPLとは言えない」と一定の評価をくだした。
今では広く認識されていることだが、「本家」と称される LSC 版には、かなり以前のバージョンからオラクルのサンプルコードがそのまま流用されているし、2.3m 時代の増田ファクトには dcm4che (という PACS サーバ)のコードが含まれていた。

他者の作成したコードを再利用すること自体は、オープンソースの特性ゆえ問題ないのだが、問題となるのは、以前のLSCがこれらの事実を伏せて特定のソースコード提供者のみを優遇していたことや、増田さんに至ってはよくわからない理由(私がライセンス違反なんだそうだ)でソースコードの一般公開をやめてしまっていることだ。
彼らの解釈(ソースコードを提供したものはすべてクレジットされなければならない云々みたいなやつ)からしたら、GPL 違反をしているのは増田さんなんだけどね。

なお、当方は、こういう面倒な問題を「いちいち気にする」のが嫌なので、ソースコード自体を一般公開するという方針を取っている。

 

そういう経緯もあってか、以前の商用版の開発元であった LSC (ただし、現在は運営権などもメドレーに移管)も「商用版とオープンソース版は基本的には別物と考えてほしい。他組織での独自カスタマイズはむしろ奨励している」というふうに方針を変えた(これは確認を取った、というか LSC の方がわざわざ会いにきてくれた。そして以前の運営方針で(私のみならず)関与した方にかなりの迷惑をかけたことを謝罪してくれた。メドレーの担当者の方も全くこの件に関しては関与していないにも関わらずご丁寧にも迷惑をかけたことを遺憾に思う旨のご連絡をいただいた)。

 

このプロジェクトのオープンソースの妥当性は、今となってはもうかなり疑わしいのだが、このプロジェクトをオープンソースの理想の実現とみたい人たち、例えば、和歌山の増田茂氏や京都大の小林慎治氏(現在は国立保健医療科学院)や皆川和史氏などはそうは考えていないようだ。理想論はもちろんあってもいいが、どういうわけかこの手の人たちは、いまだに事実を捻じ曲げて解釈している。

その一つに、私の OpenDolphin-2.7m が  LSC 版の直接のフォークではなく、増田内科版のフォークだと主張していた。経緯から思い込みで言ったのだと思うが、いくらなんでもこれはひどい。

ちゃんとソースを追っていけばわかるように、上述のように 2.7m は、LSC 版の直接フォーク、どちらかといえばファイルバックアップ機能とバグフィックスに重きを置いたフォークになっている。
OpenDolphin には直接タッチしていない小林さんが勘違いするのはわからないでもないが(→ただ、現所属機関の医療保健学院は私ほど甘くはなく、事実誤認に基づくネット上での表現などは国家公務員法違反疑いにあたるとして厳重注意処分)、基本設計をしたとされる皆川さんが間違うのはまったく理解できない。また、皆川さんはどこかで「MIT ライセンスにしておけばよかった」とのたまわったそうだが、これは無理な話だ。いくつかのサンプルコードは GPL でライセンスされているので、それを勝手に MIT ライセンスに変えることはできないからだ。
また、この時期には増田茂医師は既に自身の OpenDolphin はソースコードを「一般」公開しておらず(なお、この行為は上記の理由もあって GPL 違反の可能性が指摘されている)、フォークなぞできるはずもないのだ。なんで、論理的に間違ったことを主張するのかわからない(ついでで言っておくと dolphin とは直接関係はないのだが、増田茂は医療広告規制ガイドラインで厚労省から行政指導を、和歌山保健所から患者保護の観点から厳重注意を受けている)。

 

なお、国費を投じられ、一時期とはいえそれなりに普及したプロジェクトであることから、現在の状況は理想的とはとても思えず、関係者で今後の方針などを模索しているところです。特に、商用プロダクツとして提供しているベンダーは、関心は高いようで、軽い打ち合わせ程度の内容だが、いくつかのベンダーさんから連絡をいただいてます。

 

(追記2)メドレーに開発元が移って状況はさらに変わりました。
メドレー自体が「OpenDolphin は GPL に従う必要はない」とかなりはっきり言うようになった。
増田さんの取り扱いに至っては(はっきりと言ったわけではないですが)「契約上、著作権者として取り扱っていただけ」のようです。

それまでにも

医学部しか出ておらず(=プログラミングの系統だったトレーニングを受けていない)、かつ、それまで学術的な業績がほぼゼロ(=研究・開発の経験なし)の医師が突然 Java でプロ級のコードを書くのは不可能に近い

というようなことを言う人は多かったですね。

どういう契約だったのか知る由もないですが、実態としては当人が言うほどには関与はしていなかったんでしょうね。
確かに GitHub 上でもコードを提供した痕跡はほとんど残されていませんね。

 

猪股弘明(医師:精神科医:精神保健指定医)
OpenDolphin-2.7m, HorliX 開発者


なお、本家 OpenDolphin 2.7.0.b とその私の改良版 OpenDolphin-2.7m の windows10 へのインストール方法は、こちらで。

Mac OSX など Unix 系 OS への導入は、

OpenDolphin-2.7(m)を Mac OSX へインストールする

などを参考にしてください。

上で触れた機能(ファイルバックアップ機能)は OpenDolphin-2.7m を経て OpenOcean に引き継がれています。OpenOcean のインストール(ビルド・デプロイ)方法は

OpenOcean を Windows 10 にインストールする

をご参照ください。


→ OpenOcean は、

・上述のような背景があること

・以前から「全面書き直し」してほしいという要望があったこと

などから、現在は公開を停止。基本的な設計コンセプトを検討しているところです(余談ですが、これには近年のスクリプト系言語のウェブフレームワークの成長も背後にあります。「Java と JavaScript の立場が逆転した」みたいな表現がなされています。とある会社は PHP で書き直したいそうです)。

例えば、ファイルバックアップシステムの延長線上にあると思うのですが、カルテデータの2次利用を強く意識した構成にしてはどうか?というような要望が出ています。
いきなり高度な診断支援は無理だと思いますが、カルテ記載内容の統計処理・テキストマイニングなどは興味深い試みだと思います。

 

🌟 参考
OpenDolphin と電子カルテの3要件とメドレー
オープンソースと知財権に関するちょっと小難しい話
OpenDolphin -wiki 風解説-
横から見た OpenDolphin-2.7m